L'area è stata sommersa dal mare fino a circa un milione di anni fa. Dopo il ritiro delle acque, gli irregolari depositi di strati di argilla e sabbia vengono alla luce con i loro numerosi fossili di molluschi di vario genere. Il processo di erosione di questi terreni ha fatto si che si formassero numerose insenature, dette "calanchi", e le "biancane", piccole colline a cupola, sulle quali a sua volta è affiorato, in seguito all'esposizione al sole, il solfato di sodio che conferisce loro un caratteristico colore chiaro. Questi lunghi sconvolgimenti naturali hanno fatto del paesaggio delle Crete uno degli scenari più unici e affascinanti della Toscana.
Caratteristica principale delle Crete è dunque una natura ancora preminente e protagonista dell'ambiente, fatta di colori assai inconsueti, come il grigio dell'argilla ed il giallo del solfato. Fin dal Medioevo, questa area era conosciuta nell'insieme con il nome di Deserto di Accona.